궤양성대장염 증상이 전혀 없는 경우도 있으며, 증상이 가벼운 환자들은 가끔 변에 피가 섞여 나와 치질로 생각하여 모르고 있다가 건강 검진으로 우연히 발견되는 경우도 있다.
심하게는 혈변, 심한 복통, 체중 감소, 발열이 나타나지만 환자마다 나타나는 증상의 정도 차이는 매우 다르다.
심각한 경우 환자들은 특정한 합병증이 생기기도 한다. 심각한 염증과 궤양이 생겨서 직장의 벽이 얇아지고 이로 인해 장이 찢어지거나 구멍이 생기는 장천공으로 이어져 생명에 위협을 받기도 한다. 또한 몇몇 환자들은 전신적인 증상을 경험하기도 하는데, 피부에 염증이 생기고 시력 장애가 나타나고 관절염이나 간염이 생기기도 한다.