식사 때 환자는 구강 내 통증, 열이 나는 느낌, 구취(입 냄새), 침의 증가, 미각 감소를 느끼며 육안적으로 구강점막이 붓고 발적되며 궤양이 생긴다. 혀가 백태(하얀 막)로 덮이며 입술 가장자리의 피부가 벗겨지는 경우도 있다.
 
괴저성 구내염의 경우 먼저 수포(물집)가 생긴 후 궤양이 생기고 뼈가 노출되며, 림프절이 붓는다. 심하면 합병증을 일으켜 사망하는 수도 있다. 

아프타성 구내염은 심한 통증이 있고 음식물 씹기와 발음이 힘들어지고 열이 날 수 있다. 흔한 형태로는 전구기에 작열감이 있은 후 한개 또는 여러 개의 직경 2~10mm의 원형, 난원형 궤양이 점막 부위(협부, 혀, 구개, 잇몸 등)에 생기며, 이는 대개 10~14일 후 반흔 없이 치유된다. 약 10%의 환자에서는 보다 큰 괴사형 궤양(1~2cm)이 입술, 협부점막, 혀, 연구개, 전구개궁, 등에 생기는데 이는 치유과정에서 반흔을 생성한다.

구강매독인 경우 처음에는 구강 내에 분화구 모양의 궤양이 생겼다가 빨간 반점이 나타나고 깊은 궤양이 생긴다. 
  
헤르페스 구내염은 1~3세 소아에서 가장 흔히 보이며 작은 궤양과 더불어 발열, 림프절 종창이 생기고 보채며 잘 먹지 않는다. 

곰팡이성 구내염은 우유가 붙어 있는 것 같은 백반으로 보이며 열은 없다.