1. 약물치료
갑상선 호르몬약을 복용하여 갑상선 종양의 크기를 줄일 수 있습니다만, 완전히 없앨 수 없고, 약복용을 중단하면 다시 크기가 커질 수 있으며, 크기가 줄어드는 환자가 10 % 도 않되어서 효과적인 치료법은 아니지만, 손쉽게 적용할 수 있는 치료법입니다.

2. 수술
앞서 설명한 것처럼 양성 종양 치료를 위하여 수술을 택하는 것은 벼룩 잡으려고 초가삼간 태우는 격입니다. 이유는 수술의 경우
1. 전신마취를 필요로 하고,
2. 5 cm 이상의 흉터가 남을 수 있으며,
3. 일주일 이상의 입원을 필요로 하고,
4. 수술후 갑상선 기능 저하증이 생기는 경우 평생 약을 복용해야 하기 때문입니다.

3. 갑상선 고주파 열치료
비교적 수년 내에 개발이 되었고, 전세계적으로 대한 민국이 앞서가고 있는 치료법입니다.
1. 국소마취만으로 시술이 가능하고,
2. 흉터는 전혀 없으며,
3. 입원이 필요치 않고,
4. 시술 후 갑상선 기능의 변화가 없습니다. 이는 수술에 비하여 장점이며, 재발이 극히 적고 미용적으로도 종양이 큰 폭으로 줄어들어서 효과적인 치료법으로 생각됩니다.

4. 에타올 치료법

1) 낭종 (물혹)에서는 95% 이상에서 치료효과가 우수합니다.
2) 간단한 국소마취만으로 비수술적인 치료가 쉽게 가능합니다.
3) 치료 시간은 대부분 30분 이내입니다.
4) 부작용은 거의 없습니다.

단점으로 갑상선 종양 중 비낭종성 종양 치료에는 치료 효과가 낮아 치료가 제한되며낭종 치료 후 크기가 감소하는 데에 일정 시간이 소요됩니다.

5. 그 외 치료법
한방 치료를 포함한 많은 대체 치료법이 소개되고 있습니다.  전문가의 홈페이지를 참조하시는 것이 좋겠습니다.